Nel mondo di Golem Hearts, le creature conosciute come golem sono diventate integrate nella società, svolgendo ogni sorta di compiti. Questi golem sono creati dagli amatori di "stregoneria" ampiamente rispettati, e obbediscono ai comandi dei loro maestri umani. Noah è un arcanista che si impegna a diventare più bravo. Per questo, viaggia molto per studiare golem unici in tutto il mondo. Questo viaggio lo conduce ad una certa isola, dove incontra una ragazza di nome Mary e il suo golem Murray.